当社の創祀並に由緒については詳にし難い。「延喜式神名帳」記載の桑名郡一五座の内の一座と伝えられている。所在については「神社覈録」には「宇賀村に存す」とあり、一方「伊勢式内神社検録」は「桑名藩明細帳」をひき蓮花寺村字宮下の宇賀神社と本社の二説をあげているが、宇賀村説が有力である。地理的環境からみて現在の宇賀神社周辺は宇賀神社古墳と称する群集墳がみられ、縣の神として古くより農耕神を祀り付近の人々の崇敬を集めていたことは想像に難しくない。社伝によれば文徳天皇仁寿元年(851)正六位下の神階を授けられ、土御門天皇建仁元年(1201)には従五位下に亀山天皇弘長元年(1261)には従五位上に叙せられたと伝えている。明治一三年村社に列格。同三九年(1906)一二月郷社に列格。